在现代临床研究中，探索疾病的分子机制、寻找早期诊断标志物以及指导个体化治疗成为核心课题。蛋白质组学作为连接基因表达与表型变化的关键研究手段，已被广泛应用于肿瘤学、免疫学、神经科学等多个领域。近年来，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of All Theoretical Fragment Ion Mass Spectra）技术作为一种数据独立采集（DIA）模式，因其高重复性、高通量和广覆盖性，在临床蛋白质组学研究中日益受到重视。

一、SWATH-MS技术简介

SWATH-MS是质谱技术中以“全面扫描”为核心的数据采集策略。在SWATH分析中，质谱仪将全m/z范围划分为多个连续的窗口，对所有母离子进行系统性碎裂，进而捕获几乎所有可检测肽段的MS/MS信息。

🚩 SWATH-MS的优势：

• 高重复性：能够在不同批次、不同样本间获得稳定的数据；
• 定量范围广：涵盖高低丰度蛋白；
• 信息留存度高：原始数据可在不同研究目标下多次解析。

二、SWATH-MS在临床研究中的核心应用

在临床转化研究中，SWATH-MS技术支持多种研究路径，能够对疾病的早期发现、进展监测和疗效评估提供蛋白层面的精准依据。

1、疾病标志物筛选

SWATH-MS技术适合处理大规模临床样本，通过构建全谱数据集与高质量离子库，可系统性挖掘差异表达蛋白，并辅助构建基于蛋白质表达的分类模型。

2、预后评估与分子分型

对于进展缓慢或临床异质性大的疾病，SWATH-MS可用于构建分子分型方案。结合多组样本间的蛋白表达模式，研究者可挖掘不同亚型患者在蛋白水平上的表达特征，从而为临床提供更加精细化的分类依据，并与临床结局数据进行关联分析。

3、药物响应监测

临床药物研发中，个体化治疗方案需基于患者对药物的响应机制建立判断标准。SWATH-MS可用于对比药物处理前后的蛋白表达变化，辅助识别作用靶点或调控通路，并分析治疗响应与蛋白表达之间的关系，为机制研究和伴随诊断开发提供数据支持。

4、多组学整合分析

现代临床研究已逐步从单组学向多组学融合演进。SWATH-MS生成的高通量蛋白数据可与转录组、基因组、代谢组等数据进行联合分析，增强研究对生物通路、调控网络的理解，并助力构建系统层面的疾病模型。

三、SWATH-MS在临床研究中的实施方案

SWATH-MS技术的实施效果高度依赖研究方案的设计合理性。以下是几个关键步骤：

1、样本选择与预处理

临床样本往往来源复杂，包括血清、组织、尿液等。SWATH-MS对样本制备的标准化要求较高，推荐采用一致的前处理流程（如蛋白抽提、酶解、脱盐）以控制样本间的技术变异。此外，样本采集时间点的统一也是保证生物学一致性的前提。

2、建立高质量离子库

离子库决定了SWATH数据中蛋白质的识别能力。常规做法是通过DDA模式在代表性样本中建立初始离子库，覆盖尽可能多的肽段信息。也可考虑整合已有公共数据库，或利用多样本混合策略增强离子库的普适性。

3、数据采集参数优化

采集窗口的数量与宽度需根据仪器性能和样本复杂度权衡设定。较窄的窗口可提高选择性，但增加循环时间；反之则影响低丰度肽段的识别率。因此应通过预实验进行优化，确保在覆盖范围和定量精度间取得平衡。

4、数据解析与生物信息学分析

SWATH-MS的数据处理依赖成熟的软件工具（如OpenSWATH、DIA-NN、Spectronaut等），可进行肽段识别、峰面积提取、归一化与差异分析。后续可结合通路富集分析、网络构建及临床指标相关性分析，挖掘具有临床意义的蛋白特征。

SWATH-MS技术以其全面、稳定、可扩展的特点，正在成为临床蛋白质组学研究的关键平台。它为疾病标志物筛选、分子分型、药物响应分析等提供了可靠的定量数据支持，也为多组学整合研究提供了坚实的蛋白基础。百泰派克生物科技长期关注SWATH-MS及其他蛋白质组学技术在临床研究中的应用，致力于为科研人员提供高质量的SWATH定量蛋白组学服务，加速从分子发现到临床转化的全过程。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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