随着精准医疗和个体化治疗的发展，癌症生物标志物的发现已成为癌症早筛、预后评估和治疗决策的核心环节。然而，传统蛋白质组学技术通常聚焦于蛋白质的局部片段或肽段信息，难以全面解析蛋白的结构变异，例如剪接异构体、翻译后修饰（PTMs）和非典型突变蛋白。这使得许多潜在的肿瘤相关标志物在“拼图”式的分析中被遗漏。近年来，蛋白全长测序（Full-Length Protein Sequencing）技术逐步兴起，其中以 Top-Down Proteomics 为代表的策略，正在为癌症标志物研究带来新的突破。

一、什么是蛋白全长测序？

蛋白全长测序旨在还原目标蛋白的完整氨基酸序列，包括其剪接变体和翻译后修饰状态。与传统的 Bottom-Up 蛋白质组学（通过酶解蛋白生成肽段并进行质谱分析）相比，全长测序策略能够显著弥补以下两方面的不足：

1、异构体信息缺失：肽段拼接难以区分来源于不同剪接形式或突变类型的蛋白

2、修饰组合不可识别：多位点PTMs的协同作用常被割裂式分析所忽略

Top-Down Proteomics 作为实现蛋白全长测序的关键方法之一，可直接对完整蛋白进行质谱分析，具有以下优势：

✔ 精准解析蛋白原始序列和突变位点

✔ 同步检测多种修饰及其组合位置

✔ 显著提升对 Proteoform（蛋白同分异构体）的分辨能力

这对肿瘤研究尤为关键，因为癌细胞中经常存在结构多变、功能异化的非典型蛋白异构体。

二、蛋白全长测序如何推动癌症标志物的发现？

1、精准鉴定肿瘤相关蛋白异构体

在多种肿瘤中，剪接变体（splice variants）或截短蛋白常作为潜在的肿瘤驱动因子。例如，p53蛋白的多种剪接异构体在不同癌症中功能差异显著。全长测序技术可直接区分这些异构体，辅助精准筛选候选标志物。

2、全面解析翻译后修饰谱（PTM landscape）

癌症相关蛋白通常携带多重修饰，如磷酸化、乙酰化、泛素化等，其协同作用参与信号转导和免疫逃逸。Top-Down方法能够同时检测多种修饰及其位置组合，避免传统技术中“修饰孤岛”的片面性。

3、揭示neoantigen与免疫相关靶点

突变产生的新抗原蛋白（neoantigen）是免疫治疗中的重要靶点。通过全长蛋白序列分析，可识别非同义突变产生的全新蛋白型，有助于开发更具靶向性的癌症疫苗与免疫检查点抑制剂。

三、技术瓶颈已逐步突破——百泰派克生物科技提供先进Top-Down平台

尽管蛋白全长测序技术在前几年受限于质谱分辨率和样本复杂度，但随着高分辨质谱仪（如Thermo Orbitrap Eclipse、Bruker timsTOF Pro 2）与智能蛋白分离技术（如分子筛层析、CE-MS）的发展，Top-Down方案的可行性与通量显著提升。在百泰派克生物科技，我们整合了以下优势以推动肿瘤研究：

• 高灵敏、高覆盖率的Top-Down工作流程
• 可定制的癌症标志物筛选服务（包括组织样本、外泌体、血清等）
• 融合蛋白质组+转录组+生信分析，实现候选标志物的多维验证

结语：肿瘤蛋白质组学的新视角，从“片段”走向“全貌”

全长蛋白测序正在重塑癌症标志物发现的技术范式。它不仅提升了蛋白质组数据的解析深度，更为肿瘤个体化治疗提供了新的靶点和思路。随着技术成熟和数据分析工具的发展，Top-Down Proteomics有望成为精准肿瘤学的核心工具之一。想加速你的癌症研究项目？欢迎联系百泰派克生物科技，了解我们的蛋白全长测序定制方案，开启标志物发现新路径！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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