实时荧光定量PCR可以在反映处于指数期时，检测PCR产物的量，由此推断初始模板。实时荧光定量PCR使用的荧光化学主要分为两种类型：荧光探针法和荧光染料法。

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应用Rat Gene2.0芯片全转录组基因表达芯片，可对大鼠进行基因水平、外显子水平及可变剪切分析。

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该芯片包括约4,300 Plasmodium falciparum 的转录子和约14,900 Anopheles gambiae 转录子。

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microRNA芯片、lncRNA芯片、全基因组表达谱芯片、DNA甲基化芯片、SNP芯片、抗体芯片、组织芯片的数据分析

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Affymetrix公司研制了全球首张基因芯片，发表顶级杂志最好最多，最受国际认可，市场份额最高，是最知名的芯片公司。

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人染色体CGH芯片20号染色体,人CGH染色体芯片Human CGH 385K Chromosome 20 Tiling Array 

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ncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法（SELEX等）效率低下，假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点

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该芯片可以检测约23,000个牛的转录子，对应19,000个同源基因。

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